Auxerre

Ndicka gia nhập Auxerre tại Ligue 2 ở tuổi 13 và đã từng qua học viện của câu lạc bộ. Anh ra mắt chuyên nghiệp vào ngày 27 tháng 1 năm 2017 trong chiến thắng 1–0 trước Clermont.[5][6] Anh ký hợp đồng chuyên nghiệp đầu tiên với câu lạc bộ vào ngày 5 tháng 2.[5] Anh đã ra sân 14 lần cho câu lạc bộ trong vòng một năm rưỡi trước khi ký hợp đồng với Eintracht Frankfurt tại Bundesliga với mức phí được báo cáo là 5,5 triệu euro.[7]

Eintracht Frankfurt

Vào ngày 5 tháng 7 năm 2018, trước thềm mùa giải 2018–19, Ndicka gia nhập câu lạc bộ Eintracht Frankfurt tại Bundesliga và ký hợp đồng 5 năm với câu lạc bộ này.[8] Anh trở thành cầu thủ chính ngay lập tức dưới huấn luyện viên trưởng lúc đó, Adi Hütter, và thường được thường xuyên sử dụng trong hàng hậu vệ của Frankfurt cùng với David Abraham, Hasebe Makoto hoặc Martin Hinteregger. Trong mùa giải đầu tiên của anh với Eintracht, anh đã ra sân 27 lần tại Bundesliga và ghi bàn thắng đầu tiên trong sự nghiệp bóng đá chuyên nghiệp của anh và cho Eintracht trong chiến thắng 4–1 trên sân nhà trước Hannover 96 vào ngày 30 tháng 9 năm 2018.[9] Vào tháng 2 năm 2019, anh đã giành được giải thưởng Tân binh của tháng Bundesliga, danh hiệu hàng tháng được trao cho cầu thủ dưới 23 tuổi có thành tích ấn tượng nhất trong một tháng cụ thể, vì màn trình diễn ấn tượng của anh.[10] Anh đã ra sân chín lần tại Europa League và tại giải đấu này, đội của anh đã giành chiến thắng trước Shakhtar Donetsk, Inter Milan và Benfica trước khi bị loại bởi Chelsea ở vòng bán kết.[11] Kể từ đó, anh chỉ bỏ lỡ một trận đấu trong phần còn lại của mùa giải khi Eintracht suýt chút nữa đã có thể tham gia vòng loại Champions League.[12]

Trong mùa giải 2019–20, Ndicka có mặt thường xuyên trong đội hình chính của Frankfurt. Anh ra sân 34 lần trên mọi đấu trường.[13] Cũng trong mùa giải này, Eintracht Frankfurt lọt vào vòng 16 ở Europa League và lọt vào bán kết DFB-Pokal.[14] Anh cùng đồng đội tại Eintracht đã kết thúc mùa giải 2020–21 ở vị trí thứ 5 trên bảng xếp hạng và qua đó giúp Eintracht một lần nữa tham dự Europa League.[15] Anh đã ra sân tổng cộng tại 25 trận trên mọi đấu trường và ghi ba bàn thắng trong mùa giải 2020–21.[16]

Dưới tân huấn luyện viên trưởng Oliver Glasner, Ndicka thường chơi cùng với Hinteregger và Tuta trong sơ đồ ba người trong mùa giải 2021–22. Anh đã ra sân 44 lần trên mọi đấu trường và ghi được bốn bàn thắng ở Bundesliga.[17] Cũng trong mùa giải này, anh đã giành chức vô địch Europa League sau khi đánh bại Rangers trên chấm luân lưu sau khi hòa 1–1 sau hiêp phụ.[18]

Vào tháng 6 năm 2023, Ndicka chính thức rời Eintracht Frankfurt sau khi hợp đồng 5 năm của anh với câu lạc bộ này hết hạn.[19]

Roma

Vào ngày 21 tháng 6 năm 2023, Ndicka ký hợp đồng 5 năm với câu lạc bộ Roma tại Serie A theo dạng chuyển nhượng tự do.[20]